Nach der Rückkehr von der Hadsch wurde der Prophet in Medina krank. Sein Befinden ließ erkennen, dass sein Tod bevorstand. Immer wieder bei jeder sich bietenden Gelegenheit wies er nun die Muslime auf seine Ahl-ul-Bayt hin und gab diesbezüglich Empfehlungen und Anordnungen. Hin und wieder suchte er den Friedhof Baqi auf und legte für die Verstorbenen Fürbitte bei Gott ein.
Der islamische Staat wurde damals im Norden von den Römern bedroht. Um einem möglichen Angriff der Römer zuvorzukommen, stellte der Prophet ein Heer auf, das von dem jungen Usama angeführt werden sollte. Es sollte bis an die Grenzen des Byzantinischen Reiches ziehen. Einige Leute wunderten sich, dass der Prophet einen so jungen Kommandeur für das Heer bestimmt hatte. Dieser jedoch erklärte, er habe nur nach den Anweisungen des Korans gehandelt. Der Gesandte Gottes nannte namentlich einige Männer und gebot diesen am Gefecht gegen die Römer teilzunehmen. Damit beabsichtigte der Prophet, dass auch die einflussreichen Heuchler (Munafiqun) unter den Muslimen die Stadt verließen und gegen das anstehende Kalifat Alis nicht intrigierten und es sabotierten.
Der Zustand des heiligen Propheten verschlimmerte sich. Er wurde bettlägerig. Er verfiel immer mehr, und Ohnmacht übermannte ihn. Als er nach einiger Zeit wieder zu sich kam, sah er, dass Abu Bakr, Omar und einige andere, die sich dem Heer Usamas hätten anschließen sollen, nicht mitgezogen waren. Er sprach zu ihnen: "Habe ich euch denn nicht gesagt, mit Usama aufzubrechen?" Jeder von ihnen hatte eine andere Ausrede parat und brachte irgendeine Entschuldigung vor. Hz. Muhammad (s. a. s.) wusste aber von ihren wahren und gefährlichen Beweggründen. Er wusste, dass sie in Medina geblieben waren, um das Kalifat an sich zu reißen.
Der Gesandte Gottes verlangte nach Papier und Tinte. Einige der Anwesenden wollten seiner Anordnung nachkommen. Omar aber verhinderte dies mit der Begründung: "Dieser Mann spricht im Fieber, er hat Halluzinationen. Seine Krankheit hat voll und ganz Besitz von ihm ergriffen."
Hz. Fatimah hatte diese Szene beobachtet. Trauer und Sorge quälten sie, dass die Anweisungen ihres Vaters nicht befolgt wurden, so als wollten sie alle seine Bemühungen und Weisungen mit Füßen treten.
Imam Musa ibn Dschafar (a. s.) überlieferte, dass am letzten Abend vor seinem Tod der Prophet Fatimah, Ali, Hassan und Hussein (a. s.) zu sich rief. Längere Zeit sprach er zu seiner Tochter, die überwältigt war von Trauer und Schmerz. Dann flüsterte er ihr ein Geheimnis ins Ohr, welches sie trotz ihres Kummers zum Lächeln brachte. Erst nach dem Tod ihres Vaters gab sie ihr Geheimnis preis. Ihr Vater hatte ihr geweissagt, dass auch ihr Tod nahe sein und sie die Erste sein würde, die ihm in den Tod folgen würde.
Zu Ali (a. s.) sprach der Prophet: "Oh Ali, warum weinst du? Die Zeit des Abschieds und der Trennung ist nun gekommen und ich vertraue dich Gott an. Ich gehe nun zu Gott, dem Herrn der Weltenbewohner. Meine Sorge aber und mein Kummer gelten dir und meiner Tochter Zahrah; denn sie haben vor, Eure Rechte mit Füßen zu treten und euch Gewalt anzutun."
Den Kopf an die Brust Alis (a. s.) gelehnt und während Fatimah Zahra (s. a.), Hassan und Hussein ihn weinend anschauten, schloss der heilige Prophet die Augen. Seine Seele erhob sich in die Ewigkeit hinein. Er kehrte am 28. Safar im 11. Jahr n. H. heim zu seinem Herrn.
Im geistigen Sinn aber ist der Gesandte Gottes nicht tot. Er lebt weiter in seinen reinen Nachkommen, d. h. heute in der Gestalt des Imam Saman (a. s.).
